Die Hauptaufgaben des Instituts für Seeforschung (ISF) der LUBW liegen in der Untersuchung des Bodensees. In seiner rund 100jährigen Geschichte hat das ISF viel dazu beigetragen, dass der Bodensee weltweit zu den am besten untersuchten Seen gehört. Darüber hinaus führt das ISF auch umfangreiche Messungen in kleineren Seen in Baden-Württemberg durch. Neben dem Beobachten der Seen und der Dokumentation der Ergebnisse sind die Bewertung des ökologischen Zustands der Seen sowie die Beratung von Entscheidungsträgern und der Öffentlichkeit bei Fragen des Gewässerschutzes Kernaufgaben des Instituts. Die routinemäßigen Untersuchungen werden durch verschiedene Forschungsprojekte ergänzt. Durch eine enge Kooperation des ISF mit Gewässerschutzfachstellen der Anliegerländer des Bodensees sowie Universitäten und anderen Forschungsinstitutionen ist das ISF national und international vernetzt.